Урождённая Карпова. Мать Андрея и Льва Ляпуновых, Лидии Намёткиной-Ляпуновой.

Вместе с М.А.Ляпуновой похоронены:
Ляпунов Андрей Николаевич (1882–1923), математик, инженер путей сообщения, сотрудник Института биофизики, коллекционер живописи, отец математика члена-корреспондента АН СССР А.А.Ляпунова (1911–1973, похоронен на Введенском кладбище);
Ляпунов Лев Николаевич (1874–1924), ветеринар, в 1-ю мировую войну врач;
Намёткина-Ляпунова Лидия Николаевна, урожд. Ляпунова (1881–1924), терапевт, в 1-ю мировую войну работала в госпитале, первая жена С.С.Намёткина;
Хованская-Ляпунова Рогнеда Андреевна (1919–1966), в Великую Отечественную войну медсестра, дочь А.Ляпунова и Е.В.Ляпуновой-Намёткиной.