Партийный работник. Генерал-майор интендантской службы (1942). Родился в сентябре 1898 в Котельниче, ныне Кировской области. Член Коммунистической партии с 1918. Окончил Омскую школу прапорщиков (1917), Институт красной профессуры (1932) и курсы Высшей школы партийных организаторов при ЦК ВКП(б) (1940). Участник 1-й мировой войны. В 1919–21 в Красной Армии, участник Гражданской войны. После Гражданской войны на партийной работе. В 1932–34 заведующий отделом кадров в Торговом представительстве СССР в Тегеране. С 1934 ответственный инструктор ЦК ВКП(б), затем в Ярославском обкоме ВКП(б). В 1937–38 1-й секретарь Уссурийского облкома ВКП(б), с 1938 председатель Организационного комитета Президиума Верховного Совета РСФСР по Приморскому краю. С 1940 заместитель председателя Государственной плановой комиссии при СНК РСФСР. С 1942 участник Великой Отечественной войны, был членом военного совета Брянского и 2-го Прибалтийского фронта. С 1945 руководил Экономическим управлением Советской военной администрации в Германии, принимал участие в работе Союзного контрольного совета. С 1946 начальник Управления репарационных поставок в Венгри, с 1949 заместитель по политической части командующего 7-й гвардейской армией Закавказского военного округа. С 1950 в отставке. После отставки был заместителем председателя Госплана РСФСР по кадрам, начальником отдела кадров Госплана РСФСР. Депутат Верховного Совета РСФСР 1-го созыва. Награждён орденами Красного Знамени (1945), Богдана Хмельницкого 1-й степени (1944), Отечественной войны 1-й степени (1943), медалями, в том числе «За боевые заслуги». Скончался в 1961 в Москве.

Вместе с С.И.Шабалиным похоронены:
Шабалина Лариса Васильевна (1899–1982), учительница, жена С.Шабалина;
Лукоянова Людмила Семёновна (1938–2011);
Шабалина Галина Семёновна (1927–2015);
Киселёв Сергей Владимирович (1949–2018).