Революционный деятель, философ, экономист, учёный. Родился 10(22).8.1873 в городе Соколка Гродненской губернии в семье учителя (настоящая фамилия — Малиновский; псевдонимы Максимов, Рядовой, Вернер). Окончил Тульскую гимназию с золотой медалью. Поступил на естественное отделение Московского университета (1893), однако в 1894 исключен из университета за участие в народовольческом Союзе Северных землячеств, арестован и сослан в Тулу. В 1897 вышел написанный Богдановым-Малиновским «Краткий курс экономической науки». В 1899 окончил медицинский факультет Харьковского университета. В 1903 примкнул к большевикам. Активно участвовал в революции 1905. Несколько раз арестовывался, высылался за границу. Избирался в ЦК на 3-м (1905), 4-м (1906) и 5-м (1907) съездах РСДРП. Входил в редакции большевистских органов «Вперёд» и «Пролетарий», являлся одним из редакторов газеты «Новая жизнь». В философии стремился создать собственную систему — «эмпириомонизм». В 1909 исключён из партии за фракционную деятельность. Во время Первой мировой войны был врачом на фронте. После революции 1917 читал лекции по экономике в Московском университете. Выдвинул идею создания науки об общих законах организаций — тектологии, предвосхитившей во многом кибернетику и создававшей предпосылки для системного подхода. В 1918 стал одним из организаторов «Пролеткульта», участвовал в организации «Пролетарского университета». В 1920 разработал модель народно-хозяйственного плана, сформировав основные принципы его построения. Член президиума Коммунистической академии (1918—26). Автор утопических романов «Красная звезда» (1908) и «Инженер Мэнни» (1912). С 1921 целиком посвятил себя естественно-научым исследованиям в области гематологии и геронтологии. В 1923 арестовывался. С 1926 — директор основанного им первого в мире Института переливания крови. Скончался 7.4.1928 в результате поставленного на себе эксперимента по переливанию крови.

Вместе с А.А.Богдановым-Малиновским похоронена Богданова-Малиновская Наталья Богдановна, урожд. Корсак (1865–1945), фельдшер, сотрудник Института клинической и экспериментальной гематологии и переливания крови им. А.А.Богданова, жена А.Богданова-Малиновского.